本片是迪士尼经典动画电影《小美人鱼》的第三部系列作品。故事回到爱丽儿还在大海中生活的情景，所以爱丽儿依然是人鱼姿态于故事中出现。本片中也会首度揭露爱丽儿的母亲雅典娜皇后。自从雅典娜皇后在一次意外中丧生后，川顿国王就下令：亚特兰提卡王国不准有音乐的存在！但是年轻又热爱音乐的爱丽儿却对此令相当的反感，也决定不顾父亲的感受，就是要与音乐为伍！此举将会为她带来灾难？还是她可以因此找回父亲昔日对她们的关爱呢...

在一个风雨交加的夜晚，邦妮（艾米丽·哈恩 Emily Hahn 配音）跟随妈妈行驶在漫长的公路上。后备箱内，邦妮的宝贝玩具牛仔胡迪（汤姆·汉克斯 Tom Hanks 配音）、巴斯光年（蒂姆·艾伦 Tim Allen 配音）、杰西（琼·库萨克 Joan Cusack 配音）等围坐在一起看恐怖电影打发无聊时光。突然，汽车意外爆胎，邦妮母女只得在一家名为“好梦”（SleepWell）的汽车旅馆歇脚，等待...

爱丽儿是海中一条自由自在的小美人鱼，她向往自由，海底的世界似乎她看得有点厌了。这天，她突发奇想，想冲出海底，看看陆上精彩的世界。于是，她就真的冲破了美人鱼的限制，浮上了海面。当她看到了英俊的王子时，她彻底被征服了。为了能和王子相爱，小美人鱼爱丽儿决定以自己美丽的歌声为代价，换取一双平常人类女子的腿。在好朋友的支持和鼓励下，爱丽儿不顾一切向着自己的梦想出发！...

美人鱼爱丽儿和王子埃里克结婚后过着幸福美满的生活，不久，两人的女儿麦乐迪也出生了。小家伙天性调皮，和妈妈正好相反的是，她一直向往着海底绚丽多彩的世界，爱丽儿也一直没有告诉她自己的身世。上一集企图加害爱丽儿的巫婆的妹妹莫嘎纳为了帮姐姐报仇，骗麦乐迪说能帮她变成美人鱼，乐不可支的麦乐迪就这样跟着莫嘎纳前往了海底。丢失了爱女的爱丽儿和埃里克异常焦急，为了寻找爱女下落，爱丽儿决定重回大海。...