《毁灭者战记第二季》讲述了 妮鲁凡娜舰持续在归程上航行，距离母星美洁尔还有90天的行程。这一天，阿响、狄达、美雅、朱娜四人居然做了同样的梦，梦见全舰毁灭于一道怪异的红色光芒，吓得纷纷在半夜中惊醒。...

松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗...