这部电影的故事在某种程度上是基于今年3月上映的最新游戏《樱花大战3》的情节。虽然游戏的主角奥加米中尉讲述了故事的一个方面，但电影揭示了花谷米背后的秘密。奥伽米离开巴黎，结果留下了没有领导人的花谷美，因此一个新的字符将介绍在这里。将由大谷中尉接替的是前小泉的领导人拉切特·阿蒂尔，一个理性主义者和独特的个人，他给花谷带来了严重的问题。成员们现在和瑞切尔意见不合。与此同时，Teikoku Kagekid...

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是...

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船.........

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。　　唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新...

旧日的旅程画上了终点，新的旅程即将拉开序幕。近日里，创界山很不太平，怒鸣神家族蠢蠢欲动，开始收集起了创界山人民的善心，一场精心策划的阴谋正在酝酿之中。战部渡（田中真弓 配音）亦不能幸免，丢掉了善心，因而变成了调皮捣蛋的熊孩子，火美子（林原惠美 配音）和武一郎（西村知道 配音）得知此事找到了战部渡，将他从龙神町带回创界山。 魔王收集善心的目的是为了打造世界上最坚硬的铠甲，凭此统治创界山，在战斗之中找...